La diferencia fundamental estriba en el grado de hermeticidad que puede ser menor y por tanto la necesidad de tener cuidado especial en sellar muy bien todas las hendiduras y grietas.

También es necesario sellar muy bien las orillas de las puertas. El sellado puede hacerse con cinta adhesiva ('masking tape') o con tiras de papel periódico y engrudo. 

Otra diferencia se deriva de las limitaciones operativas que en muchas situaciones no permiten al operador controlar directamente los tiempos de exposición y aireación, que de hecho tienen lugar en tránsito. Estos tratamientos con exposición y aireación en tránsito deben ser autorizados por las autoridades fitosanitarias.

Los furgones y tolvas tienen capacidades que van de 105 a 140 m³. Las cajas de trailer de 30 toneladas tienen cubicaje de 70 a 90 m³ igual que los contendores de '40 piés'. Los contenedores chicos son de 35 a 45 m³.

Las dosis varían dependiendo del producto a tratar y de la plaga objetivo pero en término medio se usan de 40 a 60 g/m³, o sea que un tratamiento requiere sólo de 2.5 a 8.0 kilos de bromuro. En operaciones intensivas deben usarse cilindros; en tratamientos ocasionales pueden usarse latas.

En operaciones intensas y donde es necesario estar cambiando de lugar los cilindros, es preferible usar dosificadores volumétricos en lugar de básculas. En estos casos resulta complicado el uso de vaporizadores de agua caliente; puede considerarse el uso de vaporizadores de combustión interna.

Si se usan latas y la temperatura es baja, las latas pueden calentarse en agua caliente a 25 a 35 ºC o bién, si las condiciones lo permiten, dejarse calentar al sol.

El tratamiento se hace introduciendo la línea de descarga del bromuro de metilo (copolímero de polietileno de 6.4 mm (1/4") de diámetro interior, con dos o tres boquillas de salida apuntando a 45 º una de otra. Las boquillas pueden tener puntas de latón o de acero inoxidable; estas últimas tienen mayor duración y la descarga es más precisa y uniforme.

Cuando se trata de fumigaciones de grano a granel se prefiere usar, al final de la manguera, un inyector de tubo de cobre cerrado en la punta y con perforaciones laterales de 3.4 mm (1/8") equidistantes y a 25-30 cm de distancia entre sí. Los inyectores tienen 2.5 a 3.0 m de largo.

La descarga se hace en la parte superior de la caja, en el espacio libre de grano.

Tras de colocar la línea de descarga de gas se procede a terminar de sellar la caja a fumigar y terminada la introducción del gas se retira la línea de descarga y se sella muy bien la abertura.

Una vez terminada la fumigación se procede a colocar las señalizaciones de peligro, las que deben colocarse en todas las puertas de la caja. Cuando se realizan tratamientos en los que la exposición y aireación son en tránsito, es indispensable indicar, además de los requisitos generales la indicación de la fecha y hora en que es ya seguro y puede abrirse la caja fumigada, indicando adicionalmente que se debe tener todos los cuidados del procedimiento normal de aireación.